A 12. században már a veszprémi püspökség oklevélkiállító székhelye Szentendre. Neve Fulco deák (valójában „hospes”, püspöki írnok) 1146-ban Sanctus Andreasban kelt végrendeletében, amelyet II. Géza király erősített meg, fordul elő először. A pannoniai Ulcisia Castra és a honfoglalás kori település, valamint Apurig és Szent András városa között nem kimutatható településkontinuitás. A 12. századi városmag a korábbi római őrtoronyhoz képest a Bükkös patak másik oldalán települt a ma is meglévő Szent András-templom köré.

A török korban a város elnéptelenedett, egy 17. századi összeírás alapján a városban egyetlen családfő volt, vagyis legfeljebb egy családnyi állandó lakos, valamint a hozzájuk tartozó kiszolgáló személyzet jelentette a teljes létszámot.

A törökök kiűzése után külhoni telepesek népesítették be; felvirágzásának emlékeit mindmáig őrzik a város délies hangulatú, barokk stílusú polgárházai, templomai, macskaköves utcácskái, szűk sikátorai. Az 1690-es nagy szerb kivándorlás nagy számban hozott Szentendrére szerbeket, akik maradandó nyomokat hagytak a város képén és kultúráján, mindenekelőtt a mai városközpont szerb kereskedőházai őrzik emléküket. Ezek azonban nem azonosak az eredeti szerb bevándorlók által épített házakkal, a városközpont a 19. század végi térképek alapján még más épületeket tartalmazott.

A szerbekkel együtt jelentős dalmát bevándorlás is volt. A dalmát családok a Szamár-hegyen telepedtek le, ahol ma a Dalmát utca őrzi emléküket. Ebben az utcában még az 1980-as években is kizárólag a dalmát családok leszármazottai éltek.

Szentendre 1872-ben kapta vissza korábban elvesztett városi rangját.

A nyugodt kisvárosi élet a század eleje óta vonzza a művészeket. A szentendrei művésztelep 1929-ben jött létre; hozzá fűződik az ún. szentendrei iskola. Ma is több mint kétszáz képző- és iparművész, valamint író, költő, zeneművész és színész él a városban, többnyire budapesti kiállítási és munkalehetőségekkel.

Szentendre városa 1979-ig Magyarország egyik legkisebb városa volt, általában 3-4000 fős állandó lakossággal. 1979-ben azonban a teljes Pismány-hegy, a Kada-csúcs és környéke, a Tyúkosdűlő, Boldogtanya (korábban Leányfalu része), a Sztaravoda, a Szentendre és Izbég közötti részek, a Püspöki major és környéke, valamint a Pannónia-telep belterületbe csatolásával a lakás és üdülés céljaira igénybevehető területek ugrásszerűen megnövekedtek. A város azóta is terjeszkedik a környező hegyek felé (például Szarvashegy), és már túllépte a 25 000 fő állandó lakosságot, amihez nem számolják hozzá az üdülőövezetekben be nem jelentetten állandóan Szentendrén élőket. A város infrastruktúrája azonban az 1979-es 4000 lakosú kistelepüléshez képest alig változott.